V listopadu 1852 odcestoval Christian Doppler kvůli svým dlouholetým plicním obtížím do Benátek, jelikož doufal, že přímořské ovzduší zmírní příznaky jeho onemocnění.
Dne 17. března 1853 ale Christian Andreas Doppler v Benátkách zemřel ve věku 49 let. Stalo se tak v přítomnosti jeho manželky Mathildy v bytě u náměstíčka Campiello Piovan v čp. 3758 (dnes: Campiello del Piovan, resp. Riva degli Schiavoni čp. 4133). Na ostrovním hřbitově San Michele se nachází jeho pomník.